بناء على توجيهات مجلس الإدارة، دشنت الهيئة العامة للطيران المدني إجراءات الحصول على شهادة الجودة آيزو9002-1994 في أبريل 2000.
لتسهيل إجراءات الحصول على توثيق/شهادة الجودة المطلوبة، تقرر تقسيم الهيئة العامة للطيران المدني إلى 3 دوائر إدارية والحصول على شهادة الجودة على 3 مراحل. هذه الميادين هي:

 خدمات الطيران
 خدمات سلامة الطيران
 الإدارة

تم تدريب فريق من 7 من العاملين في الهيئة العامة للطيران المدني ليتحملوا مسئولية المراجعة الداخلية لبرنامج آيزو. اكتملت مراحل التدريب المطلوبة في ديسمبر 2000.
في مارس 2001، اكتملت بنجاح عملية مراجعة إدارة خدمات الطيران، وتم الحصول على شهادة آيزو9002-1994، بواسطة (Societe Generale de Surveillance – Geneva) قسم الخليج.
في المرحلة التالية جرى التركيز على قسم خدمات سلامة الطيران للحصول على شهادة الآيزو. تم إعداد وتطبيق إجراءات قياسية جديدة لهذه المرحلة، وفي نفس الوقت، تم تطوير وتحديث خدمات الطيران المدني لتتواءم مع الإجراءات القياسية الجديدة. بدأ تنفيذ هذه المرحلة في مارس 2002، وأكملت بنجاح في نوفمبر 2002.
المرحلة الثالثة ركزت على توثيق إدارة الشئون الإدارية والمالية عبر شهادة آيزو9001:2000. انتهى العمل في هذه المرحلة بحلول نوفمبر 2003.
مع متطلبات معايير الجودة "آيزو" التي تركز على مراقبة مستوى قبول العميل للخدمات، وفي ظل رؤية الهيئة العامة للطيران المدني القائمة على رعاية التطوير المستمر لإجراءات النوعية والسلامة على عملياتها التشغيلية، دشنت الهيئة العامة للطيران المدني حاليا استبانة إدراك العميل. هذا النموذج (QMSD 8M) يمكن الحصول عليه مجانا من خلال موقع الهيئة على الانترنت.
تم إجراء بعض التغييرات الطفيفة على فريق المراجعة الداخلية الأصلي، حيث بات يتكون حاليا من مدير الجودة إضافة إلى 11 من المراجعين الداخليين.